เป้าหมายในกระบวนการดำเนินการของเมืองอุตสาหกรรม จะต้องไม่มีขยะและวัสดุเหลือใช้ กระบวนการจัดการต้องดำเนินการแยกขยะจากผลผลิตทางการเกษตรและวัสดุเหลือใช้จากการเกษตร เพื่อไปนำไปแปรรูป หรือใช้ประโยชน์ด้านอื่นๆ เช่น เป็นอินทรียวัตถุการผลิตปุ๋ย หรือเป็นวัตถุดิบด้านพลังงานทดแทน (pellet) และอื่นๆ โดยขยะและวัสดุเหลือใช้เหล่านี้จะต้องทำให้เกิดประโยชน์ ไม่มีเหลือทิ้งเปล่า